Protéomique

AFFINISEP a développé des outils spéciaux basés sur les disques AttractSPE®Disks qui peuvent être utilisés simplement et efficacement pour le :

• Dessalement :
  Avant l’analyse par SM des peptides ou des protéines, l’étape de dessalage est une étape cruciale pour éliminer les sels et purifier les peptides/protéines des digests en gel et en solution.
  Le choix du sorbant est important car il va fixer les peptides et permettre au sel et aux autres contaminants d’être lavés de l’échantillon. Les peptides et les protéines propres sont ensuite élués et analysés.
• Fractionnement :
  Le fractionnement des peptides est une étape extrêmement importante et difficile dans les approches protéomiques confrontées à des mélanges de plus en plus complexes.
  L’objectif est de simplifier chaque fraction pour une analyse simplifiée afin d’extraire plus d’informations.
• Elimination des détergents des échantillons :
  Pour une bonne solubilisation des protéines et leurs digestions, des détergents sont nécessaires.
  Ces composés peuvent alors affecter l’identification des peptides/protéines et leur élimination est une étape importante pour une meilleure identification des peptides.
• Changement de solutions tampons.

Plusieurs sorbants peuvent être utilisés comme le HLB, C18, C8, DVB (hydrophobe), les polymères ioniques pour les interactions faibles ou fortes (RPS,SAX, WAX, SCX, WCX)… Le produit existe sous différents formats : Stage tips (SPE tips), Spin SPE, 96 Plates SPE. Si vous avez besoin d’augmenter la taille de votre purification, la même résine est disponible sous forme de cartouche.
Plusieurs formats sont disponibles selon la taille de l’échantillon : pointes SPE, tubes de centrifugation 2mL/15mL/50mL, cartouches avec disques SPE ou plaques 96 puits 1mL/microélution.

Pour répondre au besoin d’élimination rapide et à haut débit des petites molécules des préparations d’échantillons de protéines, nous avons élargi notre offre avec des plaques 96 SPE.

Le temps que nous passons à dormir est ajusté en fonction du temps passé éveillé, et on pense donc qu’il est soumis à un contrôle homéostatique étroit. En utilisant la phosphoprotéomique quantitative, les auteurs démontrent que le TNFα microglial contrôle des milliers de sites de phosphorylation pendant la période de sommeil. Les substrats du TNFα microglial comprennent des kinases favorisant le sommeil et de nombreuses protéines synaptiques, y compris un sous-ensemble dont le statut de phosphorylation code le besoin de sommeil et détermine la durée du sommeil. Par conséquent, l’absence de TNFα microglial atténue l’accumulation du besoin de sommeil, mesuré par l’activité des ondes lentes, et empêche la compensation immédiate de la perte de sommeil.

Le dessalage des digestats tryptiques a été effectué avec des StageTips maison, fabriqués en empilant trois couches AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) dans des embouts de pipette de 200µL (équivalents à nos AttractSPE® Disks Tips C18, réf Tips-C18.T3.200.96, et contenant 2mg de matériau C18).

Nouveau ! Microglial TNFα orchestrates brain phosphorylation during the sleep period and controls homeostatic sleep, Maria J Pinto, Léa Cottin, Florent Dingli, Victor Laigle, Luís F. Ribeiro, Antoine Triller, Fiona J Henderson, Damarys Loew, Véronique Fabre et Alain Bessis, 2022. ACCES LIBRE.

Le vieillissement affecte l’homéostasie du fer, comme en témoignent la charge et la toxicité du fer dans les tissus et l’anémie courante chez les personnes âgées. Chez les mammifères, les besoins en fer sont principalement satisfaits par le recyclage du fer des globules rouges (GR) sénescents, une tâche principalement accomplie par les macrophages de la pulpe rouge (MPR) spléniques via l’érythrophagocytose. Étant donné que les macrophages de la pulpe rouge traitent continuellement le fer, leurs fonctions cellulaires pourraient être sensibles au déclin lié à l’âge, une condition qui a été largement inexplorée jusqu’à présent. Les résultats de cette étude ont montré que les souris femelles âgées de 10-11 mois présentent une charge en fer, une activité lysosomale diminuée et un taux d’érythrophagocytose réduit dans les RPM.

Les peptides tryptiques ont été dessalés avec des AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) utilisés pour faire des StageTips (équivalent à nos AttractSPE® Disks Tips C18, réf Tips-C18.T1.200.96).

Nouveau ! Impaired iron recycling from erythrocytes is an early hallmark of aging, Patryk Slusarczyk, Pratik Kumar Mandal, Gabriela Zurawska, Marta Niklewicz, Komal Kumari Chouhan, Matylda Macias, Aleksandra Szybinska, Magdalena Cybulska, Olga Krawczyk, Sylwia Herman, Michal Mikula, Remigiusz Serwa, Malgorzata Lenartowicz, Wojciech Pokrzywa et Katarzyna Mleczko-Sanecka, 2022. ACCES LIBRE.

La géranylgéranyltransférase rab (GGTase-II, RGGT) catalyse la modification post-traductionnelle de protéines impliquées dans plusieurs pathologies, notamment le cancer, le diabète, les maladies neurodégénératives et infectieuses. Ainsi, les inhibiteurs de la RGGT sont considérés comme une plateforme potentielle pour le développement de médicaments et d’outils pour étudier les processus liés à l’activité anormale de ces protéines. Ici, une série d’analogues ont été préparés et certains d’entre eux ont montré une activité micromolaire contre la RGGT, qui était corrélée avec leur capacité à inhiber la prolifération de la lignée cellulaire cancéreuse HeLa.

Dans cette étude, des StageTips basés sur l’utilisation des AttractSPE®Disks Bio C18 (SPE-Disks-Bio-C18-47.20) et équivalents à nos AttractSPE® Disks Tips C18 (ref Tips-C18.T1.200.96) ont été utilisés pour purifier les mélanges de peptides avant l’analyse LC-MS.

Nouveau ! Rational design, optimization, and biological evaluation of novel α-Phosphonopropionic acids as covalent inhibitors of Rab geranylgeranyl transferase, Joanna Małolepsza, Aleksandra Marchwicka, Remigiusz A. Serwa, Sanna P. Niinivehmas, Olli T. Pentikäinen, Edyta Gendaszewska-Darmach & Katarzyna M. Błażewska, Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, Volume 37, Issue 1, 940-951, 2022. ACCES LIBRE.

Les hormones végétales cytokinine (CK) ont été purifiées avec une grande efficacité grâce à la combinaison d’un système à trois couches C18 – RPS – SCX Stagetips à une étude visant à améliorer l’adaptation des plantes au stress thermique.

Nouveau ! Priming Maritime Pine Megagametophytes during Somatic Embryogenesis Improved Plant Adaptation to Heat Stress; María Amparo Pérez-Oliver, Juan Gregorio Haro, Iva Pavlovic, Ondrej Novák, Juan Segura, Ester Sales, Isabel Arrillaga, Plants 2021, 10, 446. ACCES LIBRE.

L’empreinte de masse des peptides de collagène, mieux connue sous le nom de Zooarchaeology by Mass Spectrometry (ou ZooMS) lorsqu’elle est appliquée à l’archéologie, est devenue inestimable pour l’identification taxonomique des matériaux collagéniques archéologiques, en particulier les restes osseux fragmentaires et modifiés. Avant l’analyse spectrométrique basée sur le MALDI, le collagène doit être extrait de la matrice inorganique de l’os, isolé et purifié.

Les échantillons archéologiques ont été purifiés selon la méthode SP3 (Single-Pot, Solid-Phase, Sample-Preperation) en utilisant des StageTips (équivalents aux AttractSPE®Disks Tips C18 réf C18.T2.200.96) à partir de deux AttractSPE® Disks Bio C18 rognés (SPE-Disks-Bio-C18-100.47.20).

Nouveau ! Testing the efficacy and comparability of ZooMS protocols on archaeological bone, Wang Naihui, Brown Samantha, Ditchfield Peter, Hebestreit Sandra, Kozilikin Maxim, Luu Sindy, Wedage Oshan, Grimaldi Stefano, Chazan Michael, Horwitz Kolska Liora, Spriggs Matthew, Summerhayes Glenn, Shunkov Michael, Richter Korzow Kristine, Douka Katerina, Journal of Proteomics, Volume 233, 104078, 2021.

L’épissage des pré-ARNm catalysé par le spliceosome représente une étape critique dans la régulation de l’expression des gènes contribuant à la diversité du transcriptome et du protéome. Dans cet article, des chercheurs de plusieurs instituts de l’Université de Cologne (Allemagne) ont étudié le rôle de Ecdysoneless (Ecd) comme régulateur critique de l’assemblage de la snRNP U5 et de la stabilité de Prp8.

Au cours de ces expériences, l’identification des protéines avant la spectrométrie de masse, les AttractSPE®Disks Bio RPS (SPE-Disk-Bio-RPS-47.20) ont été utilisés comme Stagetips.

Nouveau ! Ecd promotes U5 snRNP maturation and Prp8 stability, Steffen Erkelenz, Dimitrije Stanković, Juliane Mundorf, Tina Bresser, Ann-Katrin Claudius, Volker Boehm, Niels H Gehring, Mirka Uhlirova, Nucleic Acids Research, 2021; gkaa1274, ACCES LIBRE.

Dans cet article, une technique de marquage de proximité optimisée pour l’étude des protéines dans les mitochondries de levure est décrite. Il est important de noter que le BioID (identification par la biotine) permet d’identifier les protéines en interaction transitoire ainsi que les protéines situées à proximité de l’appât, qui peuvent ne pas être copurifiées par les expériences conventionnelles de pull down. Des Stagetips basés sur les AttractSPE®Disks Bio RPS (SPE-Disks-Bio-RPS-47.20) ou disponibles dans le commerce (Tips-RPS-M.T2.200.96) ont été utilisés pour purifier les protéines bionylées avant l’analyse par spectroscopie de masse.

Mapping protein networks in yeast mitochondria using proximity-dependent biotin identification coupled to proteomics, Roger Salvatori, Wasim Aftab, Ignasi Forne, Axel Imhof, Martin Ott, Abeer Prakash Singh,  STAR Protocols, Volume 1, Issue 3, 2020, 100219, ACCES LIBRE.

Dans cet article, des cribles génétiques à haut débit ont été réalisés qui fournissent une nouvelle carte globale des résidus d’histones requis pour la reprogrammation transcriptionnelle en réponse au stress thermique et osmotique.

Dans cette étude, le fractionnement des phosphopeptides à pH élevé a été réalisé à l’aide de pointes de chargement de gel emballées avec des AttractSPE®Disks C18 (équivalent à nos AttractSPE® Disks Tips C18 et contenant 1 mg de matériau C18).

A genetic analysis reveals novel histone residues required for transcriptional reprogramming upon stress, Cristina Viéitez, Gerard Martínez-Cebrián, Carme Solé, René Bö ttcher, Clement M Potel, Mikhail M Savitski, Sara Onnebo, Marc Fabregat, Ali Shilatifard, Francesc Posas, Eul`lia de Nadal, Nucleic Acids Research, Band 48, Ausgabe 7, 17. April 2020, Seiten 3455–3475, ACCESS LIBRE.

La combinaison du profilage thermique du protéome (TPP) avec la phosphoprotéomique (phospho-TPP) offre un moyen d’évaluer la pertinence fonctionnelle des sites de phosphorylation identifiés à l’échelle du protéome en comparant le comportement de fusion d’une protéine et de sa ou ses formes phosphorylées. Dans cet article, des expériences de phospho-TPP ont été réalisées dans des cellules HeLa en utilisant un protocole optimisé.

Dans cette étude, le fractionnement des phosphopeptides a été réalisé avec des embouts de chargement de gel bouchés avec des AttractSPE®Disks C18 (équivalent à nos AttractSPE® Disks Tips C18 et emballés avec 1 mg de matériau C18).

Impact of phosphorylation on thermal stability of proteins, Clément M. Potel, Nils Kurzawa, Isabelle Becher, Athanasios Typas, André Mateus, Mikhail M. Savitski, bioRxiv 2020.01.14.903849; ACCES LIBRE.